Bovenbouw

In tegenstelling tot een paar jaar geleden begint het schoolexamen reeds in de vierde klas. Een aantal vakken wordt daar zelfs al afgerond. Binnen de door de wet gestelde kaders heeft de school een programma van toetsing en afsluiting (het zogenaamde PTA)  samengesteld.

In de Tweede Fase maken de leerlingen vanaf de vierde klas een keuze uit een viertal vast omlijnde vakkenpakketten (profielen). Voor alle leerlingen zijn (buiten het profiel) de volgende vakken verplicht: Nederlands, Engels, Frans en Duits, Maatschappijwetenschappen, Algemene Natuurwetenschappen, één Klassieke Taal, Klassieke Culturele Vorming en Lichamelijke Opvoeding. Ook kunnen leerlingen in de vierde klas 2 modules volgen op het gebied van Beeldende kunst, Muziek of Wereldliteratuur.

De vier profielen (Cultuur & Maatschappij, Economie & Maatschappij, Natuur & Gezondheid en Natuur & Techniek) geven aansluiting op specifieke sectoren van opleidingen aan Universiteit en Hogeschool.

Voor alle leerlingen op het Vossius Gymnasium bestaat vanaf de vierde klas de mogelijkheid een aantal uren per week zelfstandig te werken in de studiezaal, in nissen in de gangen, in de mediatheek en in andere vrije ruimtes. In deze uren, die niet als les zijn ingeroosterd, mag de leerling ook een vak naar keuze volgen. Zo'n vak heet een vak in de vrije ruimte. Bijzonder is dat het Vossius Gymnasium, naast de 'gewone' schoolvakken ook Filosofie aanbiedt in de vrije ruimte. Hiermee is een grote mate van keuzevrijheid verzekerd.